Crescendo em movimentos ativistas, como o filho de organizadores de sindicatos, Flores herdou uma responsabilidade eterna a lutas comunitárias. A partir de lutas pela terra com fazendeiros sul central, a reforma da imigração, greve dos funcionários de supermercado, luta zapatista indígena, para a comunidade em East Los Angeles, ele foi ativo com música na mão. Desde 1993, ele tem trabalhado como diretor musical para uma banda de rock, Quetzal, em East Los Angeles.
Ao longo de sua carreira musical profissional, ele já dividiu o palco e tem colaborado com grupos e artistas como: Los Lobos, Taj Majal, Zack De La Rocha (Rage Against the Machine), Los Van Van, Son De Madera, Susana Baca, e Daara J, Aloe Blacc, entre outros. A banda Quetzal fez impacto considerável no mundo da música Chicano nos últimos 19 anos. A importância de seu trabalho é marcado por sua participação em eventos como o Ciclo de Música Homegrown no Folklife Center da Biblioteca do Congresso, a viajar para exposições americanas Sabor americano: Latinos nos EUA de Música popular, e a conclusão de cinco álbuns, o mais recente dos quais, Imaginaries, foi lançado este ano no rótulo Smithsonian Folkways.
Desde 2002, Flores tem sido uma figura central no diálogo transnacional entre Chicana/músicos e artistas da Califórnia e músicos e dançarinos mexicanos de Veracruz, México. Deste diálogo surgiram muitas gravações, performances, publicações, workshops e esforços de construção da comunidade, sob os auspícios de organização de Fandango Sin Fronteras. Para reforçar este diálogo, em 2007 Flores passou nove meses em Xalapa, Veracruz, com sua família compondo e gravando música com mulheres de El Nuevo Movimiento Jaranero, um movimento orientado para a revitalização do filho jarocho, tradição da música de do Sul de Veracruz.
Com habilidades desenvolvidas na música, organizando e produzindo, em 2008 Flores foi contratado como o Coordenador do Programa de Parceria de Música de Seatlle. Ao facilitar esta colaboração entre a Universidade de Washington (UW), The Experience Music Project, e KEXP 90,3 FM , ele co-fundou e lançou o Projeto Seattle Fandango, uma das iniciativas da UW mais bem-sucedidas e sustentáveis parcerias, envolvendo diversas comunidades historicamente prejudicadas dentro e fora da Universidade.